Bardelli
Como o mestre Gili sempre fala: "Não confio no ruindows controlando qualquer coisa", eu também concordo, mas pelo que tenho lido e visto deste Mach3 parece ser um bom programa.
A príncípio eu entende que o computador que controla uma máquina CNC deve ser utilizado somente para esta finalidade, e com o menor número possível de softwares residentes instalados, entra ai, protetor de tela, msn, yahoo messanger, detectar portas USB, detector de rede wireless, etc. Se não me engano existem até algumas explicações no site ou na documentação do match3 de como ajustar melhor o seu windows.
Se você não tem um computador disponível e exclusivo para controlar sua máquina CNC, acho que deveria providenciar outro HD ou particionar o existente e instalar um windows novinho e com o mínimo de recursos disponíveis.
Mas a melhor maneira de resolver seus problemas, seria entrar em contato com o desenvolvedor, sendo o seu programa "free" ou não, que provavelmente eles te daram todo o suporte.
Aqui neste link talvez tenha alguma coisa que te ajude :
http://www.cncbr.com/cncbr_plugins/faq/faq.php?0.cat.4.2