Marcio,
O que eu acho é que tem erro na sua configuração.
Não sei qual drive vc usa, mas na maioria deles o comum é os pinos de step e dir ficarem assim:
X step pino 2
X dir pino 3
Y step " 4
Y dir " 5
Z step " 6
Z dir " 7
Enable, Reles e outros tipos de acionamento (refrigeração, aspirador...) Nos pinos 1, 8, 9, 14, 16, 17.
Chaves inicio e fim de curso, botão de emergencia, etc. nos pinos 10, 11, 12, 13, 15.
Veja no manual da sua placa e configure de acordo.