Teria que aparecer G41 e G42 no G code?

Não necessáriamente - os programas atuais geram os arquivos de corte já compensando o diametro das ferramentas de acordo com as táticas escolhidas...

Para o Mach3 a tabela de compensação só é útil e efetiva quando se está trabalhando em um torno cnc, e mesmo assim ainda depende do critério de criação dos arquivos e no emprego de determinadas ferramentas.