1) Como definir a posição inicial dela ou sua origem pra ela começar a fresar.

Voce pode simplesmente zerar os eixos no ponto onde quer que o trabalho seja feito e usar este mesmo ponto na hora de gerar os arquivos de corte, ou neste caso por causa da sua segunda dúvida aí em baixo, deve usar sensores de origem instalados fisicamente na máquina, e estes sensores deverão informar ao sistema onde é a origem máquina.

Uma vez reconhecidos pelo programa de controle, deverá posicionar o trabalho onde desejar e zerar os eixos para que o arquivo de corte inicie neste ponto.

 

2) Como colocar os limites (creio que as dimensões da mesma) no programa Mach3 para ela não bater na estrutura.

Usando os ajustes de limtes lógicos do Mach3, mas estes só serão efetivos e seguros se sua máquina possui sensores de origem e que tenham sido reconhecidos devidamente durante uma inicialização do sistema.

3) Como coloca-lá para voltar a sua origem sem traçar o desenho novamente.

Supondo que o ponto de origem do trabalho seja X0 Y0, basta colocar estas coordenadas no inal do arquivo de corte - atenção para a altura da ferramenta.

Um exemplo de código seria:
G0 z50 (altura segura para o Z)
G0 X0 Y0
M30

Simples assim

Lucas,

Precisa saber quais são os pinos de entradas dessa placa e conhecer que tipo de sinais ela usa - se em tensão ou se contato seco, e definir o tipo de sensores que serão instalados na máquina.