Matheus,
Um dos problemas que causam perda de passo, é a velocidade excessiva, tente seguir o que orientei. Outro problema é a velocidade de partida, mas o Gilii já te orientou sobre isso e parece que melhorou.
Apesar que, verificando o manual que postou, deu para ver que esses motores são fracos. não sei o tipo de drive que está usando, mas de acordo com a construção apresentada na foto acho que ele deve ter vendido porque a máquina já tava apresentando defeitos que não pode solucionar.
Quando da venda, deve ter limpado muito bem a máquina, lubrificado e rezado para a máquina não apresentar defeitos na hora da demonstração (se houve).
Mas nem tudo está perdido, você pode fazer, aos poucos, a troca do sistema eletrônico e motores com mais força. (recomento de 19 Kgf para cima). você pode comprá-los diretamente do ebay que vendem kits completos, Drivers, motores, fontes, Bob, tudo junto).
Veja este link um exemplo de que deve adquirir:
http://www.ebay.com/itm/Germany-Ship-4Axis-Nema23-stepper-motor-425oz-in-Dual-Driver-CNC-control-kit-/271448496528?pt=Motoren_Getriebe&hash=item3f33975990Neste link o Kit é para 4 motores, mas você encontra muitos kits para 3 motores.
Por enquanto, vamos tentando chegar numa configuração que, pelo menos, funcione.
Abs.
Edson