Sim, esta é a reação esperada - está correto!

Um final de curso é um dispositivo de segurança e é considerada emergencia quando a máquina aciona um deles.

Se quer algo mais efetivo e com funcionamento um pouco diferente, deverá uasr os contatos como sensores de origem (home) e habilitar o que se chamam "limites lógicos", que entrarão em funcionamento depois de referenciada a máquina.

Não precisa entrar em outro programa para mover a máquina - basta desabilitar os finais de curso temporáriamente na janela de configuração de pinos de entrada

Se entendi, uma possibilidade é usar as chaves como sensor de home e estabelecer um limite lógico para o curso de cada eixo um pouco antes do fim de curso. (Is that right?)

Isso

Quer dizer que é normal o programa não deixar mover os motores mesmo no sentido contrário ao que deu o fim de curso.

Final de curso é considerado emergencia

By the way...revirei o manual e não achei, tem como fazer zoom +/- na janela de visualização gráfica do g-code? (janela que aparece a imagem e acompanhamento do percurso)

Se estiver usando mouse com rodinha, é ela...