Eu suponho que corte seja com potencia mais alta e gravação com potencia mais baixa...
Se a fonte do laser pode ser controlada com um sinal por exemplo de 0 a 10V, o PWM do Mach3 pode resolver, mas isso não depende só do Mach3, mas do programa gerado e do cuidado do operador.
Outra forma mais simples e eficaz é gerar dois arquivos - um para corte e outro para gravação, e em cada qual o operador ajusta a potencia do laser via potenciometro.