Montanaro,
Preparei o trabalho, e ajustei o Mach3 para o ponto zero da peça (no exemplo é o centro do circulo...

Mais de um zero maquina é possivel ???
A usinagem foi interrompida em um ponto qualquer (comandei STOP):
Veja que está na linha 104 da execução..
Nessa hore eu aperto o botão "REMEMBER"

Mais de um zero maquina é possivel ???
Com o JOG, movo a máquina para outro ponto da mesa - no exemplo moví para X=85 e Y=50.

Mais de um zero maquina é possivel ???
Na nova posição, eu zero os eixos X e Y - Não zero o Z...
Apertei "Regen ToolPath" apenas para mostrar que a peça está na nova origem...

Mais de um zero maquina é possivel ???
Aperto a tecla "RETURN" - na janela que se abre, note que as coordenadas são do antigo ponto de parada em relação ao ponto zero da peça (e não da fixação).

Mais de um zero maquina é possivel ???
Aperte OK - o Mach3 irá preparar o movimento - aperte "CYCLE START" para reiniciar de onde parou...
Faça o teste em vazio para se certificar que funciona...