Acho que voce nao configurou o mach3 para essa placa nos inputs e outputs. Existe uma seccao no mach3 onde configura os pinos de enable direction e step para alem dos fins de cursos e botoneira de emergencia.
A chiadeira dos motores é normal, mas quando carrega no reset ou emergencia eles ficam sem energia, o que nao lhe acontece. Ou seja a placa nem o sinal de emergencia esta a receber. Nao conheço essa placa e como tal voçe tem de dizer no mach3 quais os pinos da porta paralela é que correspondem o enable, dir, etc etc.