Boa noite Gabriel!
Que bom que uma dúvida foi eliminada...
Referente a sua dúvida, a velocidade de avanço e a configuração errada do passo podem sim causar estes problemas. Se a velocidade de avanço for muito alta, pode gerar perda de passos e isso fará com que o mach3 interprete que está em uma posição quando na realidade está em outra. Podendo deformar o corte.
Se a configuração do passo estiver errada, o mach3 vai informar uma medida mas na realidade a máquina irá deslocar a mais ou a menos... mas, neste caso nao irá sair do esquadro... o que aconteceria é que o desbaste ficaria menor ou maior do que deveria e poderia criar "cristas" entre uma passada e outra.
Mas, temos um terceiro problema na máquina que pode gerar este problema. Folga excessiva entre a porca e o fuso... essa folga excessiva se nao for compensada, irá de certa forma "acumular" e vai gerar diferença na geometria da peça... por exemplo, o software vai gerar os pulsos para andar x milimetros mas, a máquina está na realidade, andando x milimetros menos a folga na volta, vai acontecer a mesma coisa e por isso a folga "acumula" na próxima passada, com o avanço do Z, além da diferença de esquadro vai gerar umas "escadinhas" na lateral do corte.
Pergunto, foi você quem fabricou/montou a sua router bem como fez a "calibragem" dos passos dos motore do mach3?
Att.