quando o mach3 está sem uma licença válida ele trabalha em modo demo, e só habilita 500 linhas de codigo

estes leds são habilitados quando se tem finais de curso instalados fisicamente e configurados corretamente no sistema - se sua maquina não possui tais finais de curso pode ignorar os leds.

justamente o contrário - voce pode habilitar os sinais de origem (home) e ajustar a direção de procura das origens em "homing/limits"

com tudo ajustado, quando voce apertar o botão "ref all home" na tela do mach3, os eixos deverão procurar os interruptores um por um, e a cada encontro deverá zerar os digitais de cada eixo na sequencia.

normalmente a origem de X é do lado esquerdo da maquina, a de Y é para frente da maquina (perto do operador) e a de Z é para cima

se tudo estiver certo, os digitais ficarão zerados e os leds acenderão verdes.

nota:
este tipo de ajustes e de modo de trabalho são usados para trabalhar com diversos pontos de origem de trabalhos - os chamados "zero peça" (G54 em diante), pois a procura dessas origens na inicialização da maquina é chamado de "zero maquina" ou G53.

com isso se pode usar "limites logicos" (as medidas na janela homing/limits) desde que o comando "soft limits" estiver ligado - assim pode-se dispensar o uso de finais de curso mecanicos, que para o mach3 são considerados como emergencia ou seja - eles interrompem o movimento para evitar colisões fisicas e danos ao equipamento

se não me engano G28 e o eixo que deseja referenciar

não entendí o que voce quer dizer com acionar um motor de passo com pwm... o que tem em mente?

não tenho certeza, mas talvez G28.1 A0 funcione - talvez G30 A0 funcione - se não funcionar, talvez um botão com um script contendo o comando "DoButton ( 25 )" funcione