como são dois motores num mesmo eixo, creio que a única preocupação seria usar comandos de ligar diferentes - por exemplo M3 liga um motor e M4 liga o outro - basta para isso editar a macro M4 de acordo.
Depois deve se preocupar com o pós processador - teria que criar alguma coisa para que ele use os comandos M de acordo com suas necessidades.
outra forma de fazer seria um pouco mais complexa seria usar uma macro ou um "brain" que selecionaria o motor a ser utilizado ou baseado na leitura de algum comando na tela ou mais sofisticado ainda, na leitura de um arquivo, mas este de qualquer forma precisa conter as informações de troca de motor - para o offset pode usar o proprio sistema de offset do mach3 e talvez até simplifique a coisa do controle de ligar determinado motor