Ola Saulo,
Só agora pude ver o manual, é um pouco estranho pra mim pois não sei como identificar a pinagem neste manual, talvez os colegas mais experientes possam identificar isto?
Repare que o Strap deve estar aberto se for usado com três motores.
Ao meu ver a configuração de pinagem no mach deve ser feita de acordo com a pinagem sugerida pelo manual da bob, o que independe dos driver no caso o gecko ou dos motores, já que eles funcionaram corretamente em outro sistema mostra que a ligação do hardware esta ok!
Agora você só precisa identificar a pinagem da bob e configurar isto de acordo no mach3, ou seja "passo e direção"; no seu caso tente identificar as fases dos motores (1,2,3,4), quem é passo e quem é direção, isto deve ser conectado aos seus respectivos conectores de entrada da bob, esta por sua vez terá saídas de passo e direção (porta paralela), encontre estes números e encontrara a pinagem... "ACHO?" que é isto. Por favor me corrija se eu estiver errado!