Olá Daniel.
Movimentar o portal, com certeza será mais fácil e barato, ainda mais que você não tem a preocupação com muita precisão. Máquinas que movimentam a mesa têm um custo da estrutura mais cara e a área ocupada será maior.
Cuide com a transmissão do eixo Y. Provavelmente usará cremalheira (mais barato que fuso, ainda mais neste comprimento) e neste caso você possui algumas opções: 1) colocar a duas cremalheiras, cada uma com um motor de passo (melhor opção) b) colocar duas cremalheiras com uma transmissão mecânica entre as duas (não gosto pois é mais caro e menos eficiente) c) colocar apenas uma cremalheira e trabalhar muito devagar (pior opção pois a máquina fica muito lenta e instável) d) utilizando um fuso você poderá colocar apenas um no meio. e) acompanhe um novo tópico, colocado hoje, de colocar apenas uma cremalheira central (nunca ví, mas vamos ver no que dá o tópico.)

Na usinagem de materias duros como aço, você precisa uma estrutura muito mais rígida mesmo, porém, esta estrutura deve ser rígida para eliminar vibrações que influenciarão no acabamento da peça. Faça sua máquina pensando no principal trabalho: MDF. Voc~e irá cortar suas peças de aço sem problemas, apenas tenha em mente que sua máquina não é para isso portanto faça com ferramentas de alta velocidade (RPM), baixa profundidade e baixo avanço de corte. Para poucas peças não terá problemas.

Sucesso.