Bettencourt,
Existem vários métodos de se fazer o alinhamento dos eixos na sua estrutura, mas confesso que o segredo é a sua criatividade e esmero!
Exstem alguns instrumentos de medição que nos auxiliam nessa tarefa, mas creio que são demasiado caros para serem adquiridos e usado uma vez...
Seu problema é de paralelismo?
Experimente criar uns suportes para os eixos, e nestes suportes você colocaria parafusos dispostos a 90 graus um do outro, como se fossem as posições do relógio de 12, 3, 6 e 9 horas...
Para fazer o eixo subir ou descer, afrouxa-se ou aperta-se os parafusos das 12 e 6 horas - para enviar à direita e esquerda, os parafusos das 3 e 9 horas...
Esta é só uma idéia, mas claro - tudo depende de como você está montando sua criatura
A minha primeira máquina foi feita com o auxílio de uma furadeira eletrica de mão, um "berbequim" de bancada (que aqui se chama "morsa"), algumas chaves de parafusos, solda elétrica e muito trabalho
Não desanime - estamos do lado de cá na espectativa de seu sucesso!!!