Samuel,
Veja que a maioria dos programas tem necessidades específicas.
Por exemplo, o Turbocnc em DOS pede sempre que a porta LPT esteja ajustada para o modo "normal", e se o PC tiver suporte à USB, desligue, pois podem haver alguns soluços no funcionamento.
Outro ponto que pega é no cabo de comunicação entre a placa e o PC, mas se experimentou num programa que funcionou, acho difícil ser ele o culpado.
Vou procurar a imagem do motor e falo algo, mas é aquilo que eu já falei - se a placa é a CNC3AX e ela foi ajustada corretamente, não tem muito o que dar errado.
Claro - não discarto esta possibilidade - apenas que a gente vai eliminando os problemas um de cada vez - e com lógica.