Olá!
Você ainda está testando os motores sem carga? Isso já pode ocasionar perda de passos, já li isso algumas vezes te a ver com a inércia, overshoot, ressonância, etc.
Pesquise pelo seu driver, há inúmeras correções desses drivers chineses, desde trocar o capacitor de oscilação do TB6560, deixando os motores mais espertos até trocar o capacitor que configura o tempo de espera em que o TB6560 fica em estado de repouso, neste último caso o driver operava com 30% da corrente configurada. Mas existe várias versões de drivers baseados no TB6560, o negócio é pesquisar.
Para efeito de comparação, tenho uma CNC3040 (300 x 400mm) chinesa de alumínio e meus motores, se não me engano, são de 10kg.cm, a aceleração está em 100mm/s² em x|y e 200mm/s² em z , não lembro como configurei isso, acho que foi pesquisando no google
Boa sorte!
Ricardo