No laser eu não sei se conseguiria cortar a fibra, ou apenas a resina. A fibra de carbono é uma fibra proveniente (geralmente) de linho ou similar carbonizado (quase queimado) à alta temperatura, pressão, etc. Ela não queima fácil não, por isso, não sei se vai conseguir cortar.
O que você cortará com certeza (e deve se preocupar com a fumaça) é a resina, que em fibra de carbono em 99% dos casos é epoxi.
Não sei sobre a toxicidade do epoxi queimado hoje em dia, mas quando trabalhei com isso, ele por si só tem baixa toxicidade, mas quando incinerado, libera alguns componentes que não são legais, como todo termofixo..