O tamanho do braço, vai depender de muitos fatores, em primeiro lugar, qual vai ser o curso, qual máquina voce irá usar(tupia, dremel, retificadora etc..), o que irá usinar ( chapa, bloco, caixa montada etc.) se voce não tem um projeto, primeiro monte o eixo z, e com tudo que vc irá usar, determine a altura, se voce já predeterminar uma altura antes, sem teste ou projeto, certamente não irá funcionar. Em tempo, quanto maior for a altura do eixo z e maior o curso maiores são os problema de vibração.