Testar "usinando" tem muitas variáveis.

Sugeri que isolasse um eixo e testar diferentes velocidades e rampas de aceleração/desaceleração. De repente, vc descobre que fazendo dessa forma, não acontece esse deslocamento.

Acho que esse é o caminho mais fácil.

Testei com sugerido e não ha perda, mantendo a configuração atual,
o retorno é sempre exatamente no ponto inicial, medido com um relógio comparador mas quando coloco pra movimentar os três eixos interpolados a falha ocorre. Minha preocupação é quando executar entalhes em 3d por exemplo uma etapa não vai se sobrepor com perfeição sobre a outra, desbaste e acabamento.

Quanto a fonte, uso um trafo toroidal isolador, o pc ja fiz todas as configurações indicadas para windows 7 e sempre o resultado do driver test e "system excelent", nesse final de semana troquei os cabos de alimentação do spindle e de sinal dos drivers por cabos blindados, fiz um aterramento novo, sempre aterrando o lado de origem do sinal, melhorou mas não 100%. tentei em seguida com 1/2 passo, alem da maquina ficar barulhenta, roncando o resultado foi pior ainda. Resolvi entao ir pro lado oposto, subi o passos para 1/16 e pelo primeiro teste que fiz resolveu o problema, no mesmo arquivo de teste de 46000 linhas interpolando os tres eixos o resultado foi satisfatório, se houve perda de passos foi imperceptível.  Obrigado pelas orientações. Forte abraço a todos.