Ai eh bem tranquilo como disse tenho maquinas que rodam com motor de passo e encoder com essa segurança , se errar mais que 0.1mm gera um alarme e eh necessario referenciar a maquina novamente .
O linux cnc é free vc pode baixar o linux ja com o linux cnc no site linuxcnc.org.
A entrada para os encoders sao as mesma que qualquer sensor fe entrada vao nos pinos 10 11 12 13 e 15 da porta paralela , no meu caso eu coloco uma 2 porta paralela e configuro como entrada e tenho mais pinos de entrada (2~9 e mais alguns ).
Infelizmente nao tem muitos materiais sobre isso mas começe pelo inicio, configurando a maquina e vc vai entendendo .