Alan,
Qual o tipo (tamanho) do seu motor? Motores muito grandes (pesados) tendem a possui frequência de ressonância baixa devido ao maior peso e momento de inércia do eixo mais elevado, como esse mostrado no vídeo anterior.
O amortecedor de vibração (=damper) pode ser colocado entre o motor e a carga acionada (fuso, polia dentada, engrenagem, ...), não precisa ser na ponta do eixo do motor. Acho que inclusive é melhor colocar o amortecedor entre o motor e a carga, pois permite atenuar a vibração do motor que poderia ir para a máquina. Por outro lado, o amortecedor introduz uma certa flexibilidade (elasticidade ou até plasticidade, se usar borrachas) na movimentação, o que pode afetar a precisão do posicionamento.