Fernando....
Tem o mais importante para fazer o que precisa (torno e fresa).
Onde está a dúvida?
Se entendi sua pergunta, ai vai a resposta:
Para achar o centro do cilindro (face), basta levar até ele a contra ponta de seu torno. Como se fosse efetuar um furo de centro.
Para marcar o centro do cilindro em seu comprimento, basta estar com a placa fixa (parada), levar a ferramenta de corte (deve estar muito bem centrada) de encontro ao cilindro, e fazer o deslocamento longitudinal do carrinho, restando então um pequeno risco na peça, que servirá de guia para seus furos.
Se precisar dividir esse cilindro em partes iguais, dai faz da seguinte maneira:
2 partes - leve a ferramenta na face da peça, movimente o carrinho no sentido transversal e terá um "risco" dividindo o cilindo em 2 partes, daí é só levar a ferramenta para a lateral da peça (comprimento) e "riscar" as laterais seguindo a marca da face do cilindro.
3 partes - use um calço em uma das castanhas (1ª), risque com a ferramenta de corte, deslocando o carrinho no sentido longitudinal. Gire a placa para que a 2ª castanha ocupe o lugar da 1ª, risque novamente. Gire a placa de novo de modo que a 3ª castanha ocupe o lugar da 2ª. Pronto, dividiu o cilindro em 3 partes.
4 partes ou mais - use uma das engrenagens (árvore de engrenagens) como referência, executando um procedimento semelhante ao descirto acima (contando o número de dentes). Use sempre engrenagens que possuam "dentes" sempre multiplos ou divisiveis pelo número de partes que irá utilizar.
Quanto á excentricidade da peça, a primeira coisa á fazer é se certificar que sua placa está "zerada", para isso o ideal é utilizar um relógio comparador, depois de certificado que a placa está "zerada", dai, qualquer erro será furto de sua inexperiência.
Também tenho um torno muito parecido ao seu, só que sem fresa, se precisar mais alguma coisa, não hesite em contatar-me.
Não sei se pude ajudar, não sou torneiro, costumo dizer que apenas "estrago peças", mas estou aprendendo muito, e a melhor maneira de se fazer isso é tentando ajudar alguém.
Se precisar é só gritar, na medida de meu conhecimento, estarei ás ordens.
Grande abraço.
Rubens