Creio que dependa da geometria da peça, pois isso tem influencia na forma de fixação dela em cada etapa.

Por exemplo, estou fazendo umas peças que tem torneamento interno e externo, e irá precisar de um rasgo passante - estou fazendo todas as operações de torneamento primeiro, corte no comprimento e por fim a usinagem do rasgo, porque a peça é um tubo de parede fina mas é relativamente curto (cerca de 90 mm comprimento), então vou fixa-lo pelas extremidades e não pelo comprimento para não haver deformação, e porque fica mais fácil localizar e usinar o rasgo, do contrário - se eu fizesse o rasgo primeiro teria mais trabalho para acertar os comprimentos durante as operações de torneamento.

Eu, particularmente, faço primeiro o que for necessário ter mais precisão. Caso o furo interno "não possa ter erro" e a usinagem não necessite muita precisão, eu faço o furo primeiro, porque se eu errar não perco o serviço de usinagem. Não sei se deu pra entender...