Cássio
me intromentendo em assunto alheio ...
é possível criptografar sim, mas o arquivo .hex ... mas é necessário um programinha a parte com a chave para criptografar e também a descriptografia no momento de gravar...
Uma forma bacana de fazer isso é utilizar um bootloader com a chave de criptografia e lógico travar acesso na memoria do controlador tanto a região onde o bootloader está gravado quando a região do firmware após gravado, para que este não seja recuperado posteriormente por espertinhos.
No microcotnrolador vc protege contra leitura a área destinada ao algoritmo, não precisando de criptografia ou senha, é proteger e pronto.