Acruwer,
O que eu quiz dizer com relação ao uso do simulador era relativo às formas de onda. Eu acho que a forma de onda da corrente está com variações além do esperado num chopper. Assim, valeria investigar o momento do acionamento do chopper, quando este atua ligando e desligando as fases do motor. Isso pode ser feito em bancada medindo como voce está fazendo. Parece que está havendo sobre tensão reversa no FET, pois a forma de onda da corrente assume valores, aparentemente, abaixo de zero. No osciloscópio, onde está a referência de zero da tensão em Rsense?
O que sugeri também foi "rodar" o circuito num simulador (ex.: Proteus, LTSpice, ...), antes de montar, para ver se as tensões e correntes geradas no momento da comutação vão além dos limites dos componentes, o que poderia queimar os FETs por sobretensão. Por isso, um circuito de acionamento do FET, usando um arranjo push pull se justifica. Trabalhar no simulador poupa tempo e componentes ($$), permitindo antever e analisar melhor o que pode acontecer. No simulador voce pode ir além dos limites dos componentes reais, o que permite alterar o projeto para que isso não aconteça, sem queimar nada.
Abraços,