Posso estar errado, pois sem ver a maquina é difícil, mas duas possibilidades me passam pela cabeça:
- o relé responsável por ligar/desligar o spindle está configurado para se desligar depois de acionado - veja em "Config > Ports & Pins", aba "Spindle Setup"
No meio, na parte de baixo da janela há uma opção - "Imediate Relay Off Before Delay" - se estiver habilitada, faz este efeito
- Se não estiver habilitado, provavelmente está com alguma interferencia - verifique se está usando cabo tipo manga blindado, e se a blindagem está devidamente aterrada.
Há outras possibilidades, mas isso é o que eu verificaria primeiro