Evaldo,
Podem ser muitas as causas...
- eletronica (curtos, tensões erradas, faltantes, com pouca intensidade etc)
- alimentação (mau contato, baixa tensão ou pouca corrente)
- mau contato (geral - pode ser mau contato de soquete de CI, de borne de ligação etc)
- tamanho do pulso (alguma configuração no programa de controle não está de acordo com que o driver precisa
- no caso do Mach3, ambiente de trabalho não estável (windows com problemas)
- motores com defeito (dificil, mas pode acontecer)
- falta de tensão (ou corrente) nos sinais gerados pela porta paralela
Seria interessante postar mais detalhes sobre a eletronica que está usando para a gente poder tentar ajudar a descobrir.