Reconfigure o micro-passo e veja se o barulho continua. Me parece q ele está configurado a passo cheio e rodando lento, o q causa uma certa ressonância.

Pode ser erro de montagem, ele pode estar pegando em alguma coisa por dentro já q vc diz q na vertical o barulho diminui. Mas vc já verificou se há alguma folga nele?

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Baseado estritamente no que é possível ouvir, me parece um ruído (vibração) normal. Por aparentar estar em cima de uma mesa(?), a vibração é amplificada.

Baseado apenas nesse vídeo é difícil tirar muitas conclusões ou afirmar muita coisa, inclusive se o motor está danificado. O ideal seria medir parâmetros do motor (torque, vibração, ...). "De ouvido" com áudio limitado é meio complicado.
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   A diferença de barulho é muito grande os outros tres motores roda lizinho. se fosse vibração acho que se mudado de driver ou alterado parametro das configurações ele também teria alguma diferença mas não altera o som. Por isso desconfio que ele tenha algum problema.. Medir o torque imagino que precise de alguns equipamentos que nao possuo.

Bom .... só para que fique registrado para alguém com o mesmo problema..... o barulho era um dos parafusos da tampa que estava solto. Agora me pergunto, como não vi isso antes?