Gisele,
Eu não me lembro qual foi o programa escolhido para controle da sua placa, mas experimente alterar algumas configurações não só de velocidade mas de aceleração inclusive (e principalmente) porque pode ser que esteja perdendo passos por excesso de aceleração e não de velocidade.
Normalmente as acelerações devem ser mais brandas com sua placa porque ela não oferece certas vantagens que placas mais sofisticadas nos dão, que é o tal acionamento por pwm onde se consegue muito mais performance.
Eu experimentafia fazer uma cnc3ax por exemplo, que émais do que aprovada e comprovadamente funcional...
Tem ainda placas prontas de mercado - ótimas por sinal e existem vários fabricantes sérios...
Eu pessoalmente tenho e uso diáriamente os drivers Smile do Rudolf, tenho, uso e revendo drivers bipolares industriais de ótima qualidade, e tem diversos - tem o Celio da Hobbycnc, tem o Reinaldo dos drivers Apoena, todos muito bons e funcionais.