geralmente quando o passo esta muito baixo acontece isto mesmo ... tente  aumentar o passo no driver.  tipo se esta em 400, dobre para 800  e va fazendo os testes.

Vo acha que diminuir o a corrente tambem pode ajudar ?
Ou melhor ir apenas dobrando os passos ? Porem a velocidade final vai diminuir

diminuir a corrente deixa o motor fraco,  a velocidade final voce só descobre depois que ir testando no MOTOR TUNING o valor do step.

Rjmp, bom dia!

Igual a você eu também sou novato no forum e não tenho experiência com eletrônica, pois trabalho com software, mas permita-me fazer um "pitaco".
Há vários tópicos aqui no forum falando do "barulho" feito pelos motores de passo.
Quando em funcionamento, as bobinas são acionadas sequencialmente, gerando um barulho menor.
Quando "parados", que pode ser pela necessidade da usinagem (apenas um ponto de furação como exemplo), as bobinas são acionadas simultâneamente, assim fazem mais barulho. Ou "parados" por motivo de não acionamento, neste caso, alguns drivers mais inteligentes reduzem a corrente das bobinas, diminuindo o barulho.
Diminuir a corrente, apenas para reduzir o barulho, pode não gerar torque (força) suficiente para usinar seu material (não sei qual o propósito da sua cnc).
Eu procurei mas não encontrei qualquer especificação de motores que indique este ruido gerado, tanto em movimento quanto parados.
Eu penso que tem a ver com a capacidade de torque do motor, tanto em movimento quanto parado.
Já vi aqui, várias sugestões de abafador de ruido, mas paralelamente tem que ser pensado uma forma de "sugar" a poeira gerado, se você trabalhar com mdf, ou as "limalhas" se for com metais.

Ari