Então - na verdade voce usa uma rotina embutida do Mach3 que é a rotina de probe para "mapear" as diferentes alturas da peça a ser usinada.
Para que isso funcione, voce configura um dos pinos de entrada (que pode ser pinos 10, 11, 12, 13 ou 15) para entrada de sinal de probe.
Uma vez que esta rotina funcione, voce carrega o arquivo de corte original da placa a ser cortada "dentro do programa de nivelamento - informa ao programa o que ele deve fazer em termos de mapeamento e ele gera um segundo arquivo com as alturas de Z prontas - é este arquivo que será então lido pelo Mach3 para corte definitivo da placa.