Suka,
Já tive dois problemas semelhantes com tornos a CNC, e em ambos, o problema era folga em partes mecânicas.
Uma boa forma de vc verificar é utilizar um relógio comparador, e verificar se há folgas (as vezes são decimais) nos rolamentos, entre guias e réguas de ajuste ou mancais de fixação, pois pode haver parafusos mal fixados.
Você deve colocar o apalpador em locais onde as partes a serem verificadas se movimentem se houver folga, como nas pontas dos fusos(folga nos rolamentos), nas partes móveis da mesa (folga entre guias e reguas de ajuste), e em partes fixas da mesa (folga em fusos ou mancais mal fixados).
Pode-se empurrar/puxar a mesa com as mãos, e observar o quanto o ponteiro do relógio comparador se movimenta.
Espero ter ajudado, e boa sorte.