Se está usando cremalheira ou fuso, o ajuste para qualquer medida é sempre o mesmo.
Se está usando correia ou cabos pode ser que não estejam bem esticados e terá uma folga.

Não é problema não usar redutores.
Descreva como está fazendo os ajustes .

Não uso o Mach (uso LinuxCnc), então não sei como funciona o "ajuste automatico" do Mach. Mas o principio é que se ajustar a relação passos por mm para qualquer medida sempre será a mesma relação não importa se 10mm ou 1000mm.

Por exemplo

Se para mover 1 mm precisa de 10 passos,
para mover 1000mm vai precisar 10.000 passos

e essa relação não muda a menos que tu mude a cremalheira ou o pinhão 

    Bom dia Cientista 13!  E se eu usar redutores ,poderia diminuir mais os micros passos, assim não perderia muito torque.  isso não melhoraria a precisão?

é sempre bom evitar micropassos, mas isso não vai mudar o teu problema.
O que me parece é que tu configurou errado a relação de passos por milimetros ou milimetros por passos, não sei como é no Match. Mas com passo cheio, meio passo, micro passo ou redutor a relação sempre tem que ser certa, caso contrario irá dar o problema que tu está relatando.

Por exemplo, se para o eixo mover 1mm são necessários 10 passos e tu colocar 9 passos por milimetros, a medida vai ficar errada....

Para poder te ajudar, faça um print da tela de configuração do eixo e sem fazer nenhuma alteração, programe a máquina para mover o eixo 1000mm e faça a medida de quanto realmente o eixo moveu. O restante é só uma regra de três para resolver o problema.

Que bom que conseguiu resolver.

como diria um velho deitado...

"a solução de grandes problemas geralmente são coisas simples"

 ehehe