Quando você cria o gcode, sempre tem uma opção para definir a origem do desenho (0,0). Na imagem dá pra ver que a origem está um pouco longe do desenho. Antes de enviar o gcode, tem uma opção para zerar as coordenadas da máquina. Nesse programa que você está usando, se me lembro bem, ele pergunta se você quer zerar. Diga que sim. O ponto em que a ferramenta está no momento que você zerar, será o ponto (0,0,0) e normalmente todas as coordenadas são relativas a esse ponto.