Sandro,
Acho que consegui entender...
Bem, eu acho que é mais uma questão de construção e estética do que de vantagem mecânica ou algo assim, mas é claro que o peso conta - e muito em certos casos...
A primeira imagem (uma de minhas máquinas) eu fiz de forma que todo o suporte do motor com eixos e tudo se mova para cima e para baixo, pois pensei que já que se tratava de uma máquina pequena (curso de 70 mm) o peso todo não influenciaria muito na movimentação, já que inclusive nesta máquina foi usada uma Dremel...
Penso que se a máquina for grande, e/ou o motor de "spindle" for pesado, poderia tentar aproveitar melhor a força gerada pelo motor de passo "se" este motor de passo, fusos, eixos, etc se mantivessem parados, e só a montagem do motor de ferramenta se mover...