Danilo,
Como te disse não conheço este programa, mas me parece ser um erro na configuração do plano.
Eu suponho que os furos estão na ortogonal do plano XY da peça, então se o programa cria um plano especial só para fazer furo, veja se ele não está invertido na sua orientação em relação ao plano de trabalho original XY.
Pode ser que na verdade voce tenha que antes de começar, informar ao programa que o plano de trabalho é XY para a face que deseja fazer os furos, assim quando ele for criar um novo plano de orientação da furação, este deverá ter a mesma orientação.
Apenas fazendo um comparativo com o VisualMill, eu posso antes de começar a trabalhar, dizer ao programa que o sistema de coordenadas está relacionado a um determinado plano, e este plano pode ser alterado durante a escolha das táticas de usinagem. - talvez seja algo parecido que está faltando.