Denilson, obrigado pela ajuda!
Fiz vários testes, coloquei o relógio comparador e fiz várias movimentações no x, y e diagonal, deu tudo ok, com uma variação de movimento no máximo 0,1mm. A relação passos/movimento fiz diretamente no mach3, movimentando a máquina e medindo o resultado.
Acho que o problema está quando ligo a fonte, deve está dando interferência, apesar de ter sido feito todo o aterramento. Outro problema que surgiu foi no corte de discos entre 200mm e 500mm de diâmetro [1" espessura], sempre termina com uns 3mm de diferença do ponto de início.
Grato!