Cláudio,
A princípo pode não ter nada a ver... Mas o fato do software em C++ e o Picoscope estarem no mesmo PC não é uma situação ideal do ponto de vista do sistema sendo medido x sistema medidor. Considerando que o Jitter, eventualmente, poderia afetar a ambos, é mais uma suspeita...
Voce poderia salvar o gráfico do osciloscópio em bitmap?
Voce disse que na frequência de 10.000Hz existe uma diferença de 10Hz. Que pode parecer pouco, mas é uma diferença de 10 1 pulsos a cada 10.000 pulsos, em cada segundo. Num motor de passo, o erro em frequência seria cumulativo, nesse caso, equivale ao mesmo se deslocar (ou não se deslocar) 1 passo a cada 100 1000 passos que recebe. Ou seja 1% 0,1% de erro de deslocamento a cada segundo.
Basicamente, esse erro vai ocorrer, é claro, se não houver sincronismo na geração dos pulsos, que poderia acarretar deslocamentos relativos entre os eixos X, Y, Z,.... do CNC. Se todos os pulsos estiverem sendo comandados simultaneamente pelo software (o que normalmente ocorre), a variação de frequencia é de pouca influência.
Porém, alterações muito intensas de frequência podem não ser acompanhadas pelo motor de passo, aliado a inércia do sistema mecânico da CNC. A variação máxima de frequência deverá estar restrita ao parâmetro de aceleração máxima do software CNC, que define a taxa de variação da velocidade do motor. E também não sei quais os valores usuais...