Ernesto,
Se pretende ter 20 RPM na saída do redutor (100:1), o motor deveria girar a 2000 rpm, mas dependendo do motor isso não é possível devido à certas características do próprio motor.
Há ainda outra possibilidade a ser comentada, que é sim a tensão, mas não da porta lógica, mas sim de alimentação do motor.
Sabemos que quanto mais tensão melhor, só que há diversos fatores limitantes - um deles são as características elétricas dos transistores (FETs) de saída da placa de controle.
Procure usar a máxima tensão permitida sugerida pelo fabricante desta eletrônica para tentar melhorar um pouco a coisa.
Uma última possibilidade é que apesar de serem bem feitas, temos diversos relatos de gente que se queixa dessa eletronica por não apresentar resultados muito satisfatórios no acionamento de motores de passo.
Sabemos que o fabricante da eletrônica frequenta o fórum, já foi convidado a participar deste espaço mas nunca se manifestou à este respeito...