Rangel:
Não desliga os diodos, eles auxiliam na proteção aos Mosfets.
Ainda não lí todo seu tópico, mas eu tive um problema em uma de minhas placas que eu não descobria, era o soquete do CI L297 que estava com mal contato, levei um bocado de tempo para descobrir, mesmo usando soquete usinado de boa qualidade.
Uma sugestão é aumentar a tensão da fonte dos motores pelo menos para 32 volts. Quais CIs usa? 74LS09 ao 7409? Qual o valor dos seus resistores na entrada dos mosfets? Quais Mosfets usa?
André Milke