Só uma perguntinha, a tensão de transformador era de 52V ou a tensão de saída já retificada e sem carga era de 52V? O resultado final é bem diferente...
Outro aspecto, um chopper trabalha cortando a alimentação de um motor de passo periodicamente. Devido a indutância mútua dos motores de passo, a corrente volta para a fonte através dos diodos de by-pass dos FETs. Fazendo com que a tensão de alimentação suba de maneira pulsada, o acréscimo da tensão será tanto maior, quanto mais baixa for a qualidade dos eletrolíticos, com alta resistência equivalente série (ESR). Um eletrolítico de 1000uF deve ter ESR < 1ohm, agora imagine se for maior que 1 ohm e um pulso de corrente de 5A passar por esta resistência, serão mais de 5V a mais na fonte.
A ESR aumenta progressivamente com o aquecimento, o envelhecimento e o ressecamento do capacitor eletrolítico. Ao trabalhar em altas frequências (e devido a maior influência do efeito skin, aquecimento por perdas no dieletrico, ...) o aquecimento é mais acentuando e ao aquecer mais, maior a tendencia ao ressecamento e a piora da ESR.