Não sei se vc entendeu, mas a entrada cuja saídas é X,Y,Z, os diodos são para até 4 A, e esta não possui regulador de tensão.
No caso da saída com o regulador(7812) e LED vermelho, a saída é de até 1A. Logo, se vc ligou o motor na saída de 1A vc queimou o diodo da da ponte retificadora por esta razão.
Vc tem ligar os motores nas saídas X,Y,Z, e a parte lógica da placa CNC3AX na outra saída que possui o regulador(7812).
Não importa se o seu trafo fornece corrente maior que 1A para a parte lógica, visto que o que determina a passagem de corrente pelos diodos (IN4007) é o seu consumo (CNC3AX), e esta pelo que é falado aqui no fórum, não consome mais que 500mA.
Vou te dar um exemplo. Tenho esta mesma placa fonte, onde liguei os motores da minha máquina com um trafo de 6A sendo que com o mesmo eu liguei a parte lógica da minha máquina, e não queimei nenhum diodo.
No meu caso eu possuo motores iguai ao seu, e não consomem corrente maior que 4A. Entendeu?
Vc não precisa trocar o seu trafo, é só ligar corretamente.