Bom... Como não houve resposta, vou tentar dar umas dicas pra ver se ajuda.
Não sei se existe diferença entre os capacitores, talvez isso interfira em alguma coisa.
O capacitor C1 470µF/35V é eletrolítico.
Os capacitores C10, C12, C14 de 10nF são azuis, quadradinhos e de plástico (acho que é poliester).
Os capacitores C24, C25, C26 de 1000µF/50V são eletrolíticos.
O capacitor do oscilador C27 de 3.3nF é um verde, quadradinho também (acho que é poliester também).
E os demais são cerâmicos (aqueles marrons).
Outra coisa que talvez interfira, seja porque o circuito está montado em protoboards, 1 para cada eixo e 1 para a conexão com o pc e alimentação das demais.
Ou a alimentação dos motores em 12v não seja o bastante para velocidades altas. Já que com 5v eles giram bem menos.
Alguém sabe?