Parece que o eixo Z está funfando certo. O problema é num dos outros, ou X ou Y.
O que vc pode fazer a titulo de teste, é rodar o mesmo arquivo no vazio.
Ou seja, sem o material a ser usinado.
Isso te dará mais critérios para encontrar a possivel causa.
Como está a movimentação de X e Y "na mão"? Ta bem leve?
Mas como disse o Fábio, não descarte uma configuração errada no tcnc, ou mesmo no envio dos dados (cabos, configuração do pc...).