Olá marcaio.

Sua máquina é toda de madeira e, diferente de outras estruturas em aço, tem menos resistência à deformações do material, devido ás forças na usinagem.
Nosso amigo Mulapreta, diz a respeito da tupia...Pode sera aí o problema, já que testou 3 eixos independentes e o problema foi o mesmo.    Isso pode estar ocorrendo na fixação da tupia...
Se ela "sai do lugar" no esforço da usinagem, a reta que vc menciona, que vai para uma curva e após a interrupção do esforço, por conta do término da usinagem, sem dúvida é folga ou fixação das partes.

Tirando esses problemas... nesse curso de máquina, vc notou se as medidas são usinadas corretamente, ou há diferenças..... Supor que vc fez um rasgo de 500 m/m  e depois voltou ao lado, fazendo outro rasgo inverso ao primeiro (um vai e outro volta).    Os rasgos saem iguais em comprimento exatos??? Ficam na mesma posição, ou num começa antes que o outro???  (É só teste para analisar deformações da correia, estrutura e of set. 

Abraços e bos sorte...