Sim, existe essa possibilidade - alguns programas de controle de maquinas podem fazer isso como Linux CNC e o Mach3, mas entenda que não é um processo automático.
dependendo do que queira fazer ou precise, o programa pode "aprender" os movimentos que foram feitos e "repetir" estes caminho de forma relativamente simples, ou se precisar realmente "copiar" um relevo, terá que usar um processo um pouco diferente - se usa um "Probe" tridimensional e através de algumas rotinas, o programa grava o que se chama "nuvem de pontos" (ou cama de pregos) que é um arquivo txt contendo as coordenadas tridimensionais de cada ponto.
Este arquivo precisa ser transformado num outro tipo de arquivo (chamado "Mesh") e este arquivo Mesh poderá ser importado para algum CAD tridimensional (como o Rhinoceros) para ser convertido em superfície e consequentemente em sólido...
Daí é feito o caminho inverso - do solido se gera um (ou mais) arquivos de corte para ser usados na CNC