A aceleração afeta para o motor sair da inércia e começar a movimentar, e a velocidade afeta durante o percurso do eixo. Não sei qual software vc tá usando (Mach, EMC2, etc) e nem quais são os seus motores, mas a regra geral é vc ir aumentando a velocidade e dar comandos G00, até que o motor comece a "falhar" (perder o passo). Então, diminua a velocidade entre 15 a 20%. É assim que eu faço, mas talvez haja uma "fórmula" mais técnica.
Abraço.
Jorge