Sua preocupação é com a oxidação, mas nos apoios, cujas partes cabem retificação (às vezes) não é conveniente usar nada pelos seguintes motivos:
 
Graxas e óleos - proporcionam diminuição de atrito entre as partes apoiadas, que apesar de aparafusadas podem facilitar desalocamentos na ocorrência de trancos e batidas indesejáveis como também a formação de um filme com alguma espessura;
Verniz ou outras tintas - podem alterar a planicidade em vários ângulos de forma imperceptível.
 
Essas alterações são muito pequenas, mas o somatório delas e outras mais, poderão ser inconveniente no futuro.
 
Após a pintura das partes que podem e devem ser pintadas, limpe bem as superfícies de apoio (sem pintura). Após a montagem e o alinhamento definitivo, calafete onde achar necessário, de forma a bloquear a entrada de ar, evitando assim uma possível penetração de oxigênio e uma futura oxidação entre os apoios.
 
Jackson Luz

Paulo,
 
Calafetar: Selar, fechar, tampar, obstruir.
 
Tem uma massa para essa finalidade que é um produto de elevada consistência e que nunca endurece definitivamente, ficando fácil de ser removida e reaproveitada.
 
Elas existem em várias linhas. Automotiva, constr. civil, etc, são fáceis de encontrar e relativamente baratas
 
Jackson Luz

Paulo,
 
Desculpe, eu não consegui identificar quais partes da máquina seriam estas que vc está medindo, assim como a parte para calafetar. Eu precisaria entender melhor o que poderia ser afetado em função da diferença (1mm), como também o que vc precisa calafetar, para poder opinar com mais segurança.
 
Você dispõe de instrumentos mais precisos para realizar estas medições (esquadro, paquímetro, régua)? Essa etapa requer certas técnicas para um bom resultado final. Obedecendo certos conceitos, você vai conseguir.
 
Jackson Luz

Olá, Paulo, agora deu pra entender legal
 
Essa diferença em torno de 1mm nessa diagonal poderá ser desprezível. Verifique se é possível aproveitar as folgas dos parafusos (todo furo tem uma certa folga), pode até dar pra fazer um certo jogo de compensação nos quatro cantos da máquina. Utilizando um esquadro confiável, provavelmente vai diminuir a diferença.
 
Seria preocupante se ela fosse de pórtico móvel, em função da instalação das guias. Sendo de pórtico fixo, as guias estarão separadas das laterais, permitindo uma flexibilidade maior para o alinhamento de paralelismo, driblando (até certo ponto) alguma diferença em certas partes da estrutura.
 
Alinhe com muita acuidade as duas cabeceiras. Elas têm que estar bem paralelas entre si, para se conseguir alinhar corretamente o fuso e as guias.
 
Depois teste o perpendicularismo entre o X e o Y, já que estamos falando em esquadro. Coloque um riscador (ferramenta) no Z e risque algumas cruzes (grandes) em vários locais da mesa. As linhas têm que estar 100% perpendiculares.
 
Antes de colocar a "táboa da mesa", verifique se a altura da ponta da ferramenta é constante em relação às guias, movimentando o Y e o X, observando o máximo de pontos que puder.
 
 
Quanto a estas partes de apoios (foto) podem ser pintadas normalmente após aparafusadas. Eu não aconselho pintar frestas entre apoios de guias lineares e patins porque há probabilidades de realinhamentos, reposições, etc, e ae complica um pouco.
 
Qualquer dúvida ao meu alcance, fique à vontade,
 
Jackson Luz