Olá.
A resposta a sua duvida está relacionada com o programa/software que vá usar.
O step/dir é usado por vários programas e permite com apenas uma porta paralela controlar drives de motor, mais acionamentos e mais umas coisas. É um acionamento direto do PC aos drivers onde é o pc que gere tudo.
O controlo por fase por porta paralela já fica limitado a eixos por porta paralela. Também é um acionamento direto do PC aos drivers onde é o pc que gere tudo.
Há outras formas de controlo, mas eu não estou dentro delas. Há controlo via porta serial, ou porta USB. Nessas, o controlador já tem de mastigar a informação do pc e processá-la(acho eu, não tenho a certeza).
Sabendo qual o programa que vai usar, será mais fácil dar respostas à sua duvida.